Ego sektoral dan mindset para aparat ditugaskan di wilayah Papua masih disinyalir menjadi salah satu kendala utamanya, disamping berbagai kendala yang berasal dari masyarakat Papua sendiri terkait dengan keterbelakangan kualitas SDM dan berbagai persoalan kultural lainnya. Papua juga masih dipersepsikan identik dengan kekerasan dan terror, sehingga menimbulkan ketakutan bagi para aparatur sipil Negara untuk bertugas disana, dan disisi yang lain mendorong aparat keamanan untuk cenderung berpikir, bersikap dan bertindak represif dengan mengedepankan langkah kekerasan. Jika kita ingin menyelesaikan masalah dan membangun Papua dengan harmonisasi aspek kesejahteraan dan keamanan, maka diperlukan komitmen yang kuat dan selaras antar kementerian dan lembaga, termasuk TNI, serta diimplementasikan secara nyata. Anggaran pembangunan daerah dan masyarakat tentu saja berada pada kementerian dan lembaga melalui dinas-dinas dan badan yang ada di daerah, sedangkan TNI memiliki tenaga para prajurit yang melaksanakan tugas pengamanan perbatasan maupun pada Babinsa yang tersebar hingga ke wilayah-wilayah terpencil yang seringkali tidak terjangkau oleh petugas dari dinas maupun badan terkait.
Jika semuanya memiliki komitmen yang sama, maka kondisi tersebut dapat diintegrasikan menjadi sebuah upaya terpadu yang harmonis dengan sasaran untuk meningkatkan kesejahteraan dan kualitas SDM masyarakat Papua. Dari sisi aparat keamanan, sambil melaksanakan tugas pengamanan wilayah perbatasan maupun daerah rawan di Papua, para prajurit TNI juga melakukan kegiatan untuk mengisi kekosongan para petugas dari dinas dan badan yang bertanggung jawab membangun masyarakat di berbagai bidang. Para prajurit TNI seringkali menjadi guru di sekolah-sekolah yang kekurangan tenaga pengajar formal dari dinas pendidikan, mengajari dan melakukan pendampingan dalam bidang pertanian kepada masyarakat di sekitar pos pengamanan,melakukan inovasi untuk mengatasi kesulitan sarana penerangan dan kesulitan air bersih, mengisi kekosongan petugas lintas batas (imigrasi, bea cukai dan karantina) serta membina potensi-potensi pemuda yang seharusnya menjadi tugas dan tanggung jawab dinas terkait di pemerintahan daerah.
Namun itu, semua dilakukan secara terbatas sesuai dengan kemampuan dan keterbatasan waktu yang ada. Di sisi yang lain, gangguan keamanan yang terus dilakukan oleh kelompok bersenjata kepada aparatur sipil dan pihak-pihak swasta yang bekerja membangun papua telah menyebabkan kekuatiran yang tinggi sehingga mereka enggan untuk melanjutkan tugasnya. Akibatnya, terjadi ketidak sinergian dan kesinambungan upaya lintas sektoral yang seharusnya menjadi kunci keberhasilan penyelesaian masalah Papua. Jika semua pihak memiliki komitmen, spirit dan goodwill yang sama, maka seharusnya ketersediaan anggaran di kementerian dan lembaga yang tidak terdukung oleh kecukupan tenaga dapat disinergikan dengan ketersediaan tenaga yang tidak didukung anggaran khusus di TNI. Di wilayah Papua Selatan yang menjadi tugas dan tanggung jawab Kolakops Korem 174/ATW Merauke, terjadi penurunan yang siginifikan terhadap frekuensi dan kualitas gangguan keamanan yang dilakukan oleh KSB sejak tahun 2020 hingga tahun 2021.
