Majelis Komisi KPPU menilai berbagai alat bukti yang disampaikan Investigator Penuntutan telah memenuhi adanya unsur bersekongkol oleh para Terlapor. Sehingga memperhatikan berbagai fakta-fakta, penilaian, analisis, dan kesimpulan yang ada, Majelis Komisi akhirnya memutuskan bahwa para Terlapor terbukti melanggar Pasal 22 Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1999 dan menjatuhkan sanksi denda bervariasi kepada para Terlapor. PT Kurniadjaja Wirabhakti sekaligus pemenang tender, dikenakan Rp1.470.000.000 (satu miliar empat ratus tujuh puluh juta rupiah), PT Dian Sentosa dikenakan Rp200.000.000 (dua ratus juta rupiah), dan PT Mahakarya Tunggal Abadi dikenakan Rp150.000.000. Lebih lanjut, KPPU akan memberikan saran dan pertimbangan salah satunya kepada Gubernur Jawa Timur selaku Pejabat Pembina Kepegawaian Pemerintah Provinsi Jawa Timur untuk memberikan sanksi disiplin kepada Panitia tender Dinas Perhubungan Jatim.
Data lain menyebutkan Pelabuhan Paciran dibangun sejak tahun 2005 s/d 2013 dengan anggaran APBN (Ditjen Perhubungan Darat) dan APBD (Pemprop Jatim) dengan total 298,4 milyar (192,5 M dari APBN, 105,9 M dari APBD). Sementara untuk lahan merupakan hibah dari Pemerintah Kabupaten Lamongan. Nang
