1.) Melakukan Pemeriksaan Komoditas sebagai media pembawa HPHK dan OPTK.
2.) Melakukan Pengasingan Komoditas sebagai media pembawa HPHK dan OPTK.
3.) Melakukan Pengamatan Komoditas sebagai media pembawa HPHK dan OPTK.
4.) Melakukan Perlakuan Komoditas sebagai media pembawa HPHK dan OPTK.
5.) Melakukan Penolakan Komoditas sebagai media pembawa HPHK dan OPTK.
6.) Melakukan Pemusnahan Komoditas sebagai media pembawa HPHK dan OPTK.
7.) Melakukan Pembebasan terhadap Komoditas sebagai media pembawa HPHK dan OPTK.
8.) Dari sisi operasional yang juga berdasarkan hukum internasional, karantina sebagai salah satu sistim operasional Custom,Immigration, and Quarantine (CIQ) di setiap pintu masuk dan keluar termasuk pos perbatasan sebagai pelaksana law enforcement terhadap pengawasan lalu lintas komoditas dengan berdasar peraturan baik nasional maupun internasional.
Beberapa manfaat dari misi Badan Karantina Indonesia sebagai pondasi Kedaulatan Pangan Nasional antara lain :
1.) Melindungi kelestarian sumber daya hayati, hewani dan nabati.
2.) Mendukung program pengembangan Agribisnis.
3.) Meningkatkan kualitas keamanan pangan nasional.
4.) Memfasilitasi perdagangan dan pemasaran produk pangan (Agribisnis).
5.) Mendorong masyarakat luas untuk turutserta dalam penyelenggaraan perkarantinaan nasional.
6.) Menyelenggarakan pelayanan prima, transparansi dan akuntabilitas.
